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通称杀老师的谜之章鱼型超自然生物宣布将在一年后毁灭地球，却不知为何成为了椚丘中学吊车尾班级3年E班的班主任。政府在潮田渚等3年E班的学生们身上寄予了厚望，为了拯救地球，他们要努力去暗杀能用20马赫超高速移动的那只超自然生物。
第二学期开始，留给他们执行暗杀的时间只剩半年。手忙脚乱的学园祭之后，E班迎来了短暂的安稳日子。这时，一名暗杀者在他们的面前揭露了自己的真实身份。她就是E班的学生——茅野枫。她用偷藏起来的黑色触手向杀老师发起了攻击，并喊道“我是雪村亚久里的妹妹。我这么说你该明白了吧？”学生们惊讶地面对了这一事实。
然后，杀老师终于讲起了自己的过去：“老师……曾经是人送绰号‘死神’的杀手。”
最后的学期，旧校舍四周也堆起了雪。知道了杀老师令人惊愕的悲伤过往后，E班陷入了分裂之中。他们最终会选择“暗杀”还是“救赎”？此时，达到国家规模的“暗杀杀老师最终作战”开始实施。逐渐归零的倒计时里，小渚他们得出的答案是？
地球的命运会如何发展？他们能顺利迎来毕业吗？